氣相色譜中的凈化系統也可以認為是氣路系統的一部分，其作用主要是凈化載氣中殘留的雜質。讓氣相色譜能穩定正常的工作。

凈化裝置的作用：凈化器的功能是幫助GC分析的質量和分析結果的穩定性，延長色譜柱的壽命和減少檢測器的噪音。凈化器主要是去除氣體中水分、烴、氧。存在氣源管路及氣瓶中的水分、烴、氧會產生噪音、額外峰和基線毛刺，尤其對ECD和PIO檢測器影響更為顯著，個別情況下還會破壞色譜柱。通常水分存在于氣體容器的表面和氣體管路內，不僅會影響組分的分離，還會使固定相降解，縮短柱子的壽命。氧的破壞作用最嚴重，即使很微量的氧也會破壞毛細管柱，氧會使固定相氧化，從而破壞柱性能和柱壽命，氧化物還會引起基線噪音的漂移，并隨著柱溫升高破壞性急劇增大。

吸附劑的活化：由于分子篩凈化的原理是篩分作用，所在針對不同氣體可以采用不同類型的分子篩達到不同凈化要求（脫水的同時脫除其他的物質），可以參考說明書，活化條件也隨之而異。總的來說，活化后殘留的水分會影響脫水的效率，殘留的水越少，則脫水的效率越高。凈化管中所用的吸附劑（分子篩、活性炭、硅膠）及催化劑（脫氧劑）用前必須活化，失活后可再生重復適用。

凈化器的安裝：為了提高凈化效果，凈化器安裝順序需要注意的是氣體必須從凈化器上部進入，底部流出。凈化管進出口必須用玻璃棉或燒結的不銹鋼堵好，以防止凈化劑的粉末吹入氣相色譜儀的氣路系統，損壞閥件的性能和色譜性能。